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城市水资源开发利用（南方）国家工程研究中心成立于2006年8月，是由全国供水规模名列前茅的上海市自来水市北有限公司、市政公用综合设计能力排名全国第一的上海市政工程设计研究总院、全国原水规模第一的上海市原水股份有限公司、全国排水规模第一的上海市城市排水有限公司以及我国水质科学领域著名的同济大学和中国科学院生态环境研究中心等6家单位共同组建，充分体现了以企业为主体，“产、学、研”相结合的优势互补。
城市水资源开发利用（南方）国家工程研究中心为实现城镇原水中藻类的有效评估，对藻类爆发进行预警，于2011年5月采购了迅数C100藻类计数仪，用于快速藻类成像、分类计数、自动总数累计和优势藻排序等，取代了传统的人工显微镜观察计数，极大的提高了工作效率和准确度。
