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自然界中的不同水体是仅次于土壤的第二种微生物天然培养基。水体中的微生物主要来源于土壤，以及人类和动物的排泄物及污染，其种类和数量受各种环境条件的制约。通常对微生物的检测能够了解水体是否受到过污染，是否有病原微生物存在，从而评估水体的质量和水质的卫生安全。 对粪便污染指示菌大肠菌群进行定量检测，可以确定水体是否受到人和其他动物排泄物污染。自然水体中的腐生细菌数与有机物浓度成正比，对腐生细菌数量进行检测，可以对自然水体的有机污染程度进行判断，用于对自然水体污染程度的微生物定量检测。
