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西南大学药学院成立于2006年4月30日,是西南大学组建后以原西南农业大学动物科技学院药学专业、基础科技学院化工与制药专业和西南师范大学生命科学学院制药工程专业为基础的新建学院。学院师资结构合理、充满活力。学院现有化学药学、生物药学、中药学、药理学、药物制剂、药物分析学和制药工程7个教研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室, 与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。
此次药学院、植物保护学院分别购置MF3型多功能一体机用于科学研究以及教学工作。