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山西省农业科学院农业环境与资源研究所成立于1959年，其前身为山西省农业科学院土壤肥料研究所，是山西省农科院建所最早的研究所之一。 全所共下设4个研究室（土壤与环境研究室、植物营养与肥料研究室、农业微生物研究室、分析测试研究室）、1个重点实验室（山西省土壤环境与养分资源重点实验室）、2个中心（土地复垦与可持续利用工程研究中心、农业科技开发服务中心）和4个办公室（所办公室、所财务室、科技开发室和技术推广室）。
为更加有效率的进行科研研究，研究所引进迅数MF3型多功能一体机，具有微生物菌落计数、筛选、显微图像分析、抑菌圈测量等多项高级功能。
