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微生物危害是导致“食源性疾病”这一头号食品安全问题的最主要因素。中国检科院近年来在微生物检测技术研究和标准制定方面取得了一系列重大成就，成功完成了《我国进口及进口原料生产的奶粉中阪崎肠杆菌污染状况调查》并制定《进出口食品中SARS病原菌的检测方法》、《生物细菌检测芯片研究》、《奶粉中阪崎肠杆菌检测方法》等一系列国家、行业标准，在克雷伯氏菌、变形杆菌、沙雷氏菌近10种食品微生物危害方面的研究也取得了重大突破。检科院2007年引进迅数MIC显微图象分析系统加强食品安全监管中的微生物快速检测技术研究。
